Japonya Öz Savunma Kuvvetleri (JSDF) subayı ve otaku Youji Itami, Tokyo Ginza'daki bir doujin kongresine katılmak üzere yola çıktığında, aniden büyük bir kapı şeklinde gizemli bir geçit belirir. Bu kapıdan doğaüstü yaratıklar ve ortaçağ zırhlarına bürünmüş savaşçılar ortaya çıkar, şehre hücum eder, önlerine çıkan her şeyi öldürür ve yok eder. JSDF'nin geri kalanı çabalarını istilayı durdurmaya yöneltirken, Youji hızlı hareket ederek kurtarabildiği kadar çok hayatı kurtarır.
Saldırıdan üç ay sonra Youji, JSDF görev gücünün bir parçası olarak, artık “Özel Bölge” olarak anılan kapının ötesindeki dünyaya gönderilecek özel bir keşif ekibine liderlik etmekle görevlendirilir. Neyle karşı karşıya oldukları hakkında daha fazla bilgi edinmek için bu bilinmeyen dünyaya seyahat etmeli ve hüküm süren imparatorlukla barışçıl bağlar kurma umuduyla yerel halkla dost olmaya çalışmalıdırlar.