Hikaye uzak bir gelecekte geçiyor. Toprak harap olmuş ve insanlık mobil kale şehri Plantation'ı kurmuştur. Plantasyon'da üretilen pilotlar “kuş kafesi” olarak da bilinen Mistilteinn'de yaşamaktadır. Çocuklar orada dış dünya ya da gökyüzünün özgürlüğü hakkında hiçbir şey bilmeden yaşarlar. Hayatları, görevleri yerine getirmek için savaşmaktan ibarettir. Düşmanları Kyouryuu olarak bilinen gizemli dev yaşam formlarıdır ve çocuklar onlarla yüzleşmek için Franxx adı verilen robotları kullanırlar. Çocuklar için Franxx'e binmek varlıklarını kanıtlamaktadır.
Hiro adında bir çocuk Code:016 olarak adlandırılır ve bir zamanlar dahi olarak bilinir. Ancak artık geride kalmıştır ve varlığı gereksiz görünmektedir. Bir Franxx'e pilotluk yapmamak, var olmaktan vazgeçmekle aynı şeydir. Bir gün, “Sıfır İki” olarak bilinen gizemli bir kız karşısına çıkar. Kafasından iki boynuz çıkar.